Το σχέδιο ξεκινά με τον Cyrus να εκμεταλλεύεται τη δύναμη των ισχυρών Legendary Pokemon Cresselia και Darkrai. Λέγεται ότι η Cresselia ελέγχει τη σεληνιακή δύναμη και μπορεί να εκπληρώσει τις επιθυμίες, ενώ το Darkrai συνδέεται με το σκοτάδι και τους εφιάλτες. Συνδυάζοντας τις ικανότητές τους, ο Cyrus σκοπεύει να δημιουργήσει τον Κόσμο της Παραμόρφωσης και να αλλάξει την πραγματικότητα.
Για να θέσουν σε εφαρμογή το σχέδιό τους, η Γαλαξιακή Αυτοκρατορία επιδιώκει τον έλεγχο της περιοχής Sinnoh, όπου λέγεται ότι κατοικούν η Cresselia και το Darkrai. Δημιουργούν διάφορες βάσεις σε όλο το Sinnoh και συμμετέχουν σε μάχες ενάντια στον χαρακτήρα του παίκτη και την ομάδα τους. Ένα από τα αξιοσημείωτα κρησφύγετα τους είναι το Galactic HQ στην πόλη Veilstone, το οποίο χρησιμεύει ως ο κύριος κόμβος για τις δραστηριότητές τους.
Καθώς ο παίκτης προχωρά στο παιχνίδι, συναντά μέλη της Γαλαξιακής Αυτοκρατορίας και ξετυλίγουν τα σχέδιά τους. Η κορυφαία στιγμή συμβαίνει όταν ο παίκτης φτάνει στο μυστικό κρησφύγετο της Team Galactic, το Spear Pillar, όπου ο Cyrus προσπαθεί να δημιουργήσει τον Κόσμο της Παραμόρφωσης.
Ο παίκτης πρέπει να αντιμετωπίσει δύσκολες μάχες ενάντια στους Galactic Grunts, τους Commanders, ακόμα και τον ίδιο τον Cyrus. Εάν καταφέρει να νικήσει τον Cyrus, ο παίκτης μπορεί τελικά να αποτρέψει την ολοκλήρωση του σχεδίου του και να αποκαταστήσει την ειρήνη στην περιοχή Sinnoh.
Το έξυπνο σχέδιο στο Pokemon Light Platinum χρησιμεύει ως η κεντρική αφήγηση που οδηγεί την πλοκή του παιχνιδιού και θέτει τις βάσεις για μια επική περιπέτεια γεμάτη μάχες, παζλ και συναντήσεις με τα Legendary Pokemon.