Μπορεί να παίξει μόνο στο παιχνίδι 16-bit Sonic &Knuckles , το οποίο απελευθερώθηκε ως ξεχωριστό φυσίγγιο. Στη συνέχεια, θα μπορούσατε να τοποθετήσετε την κασέτα Sonic &Knuckles πάνω από μια κασέτα Sonic the Hedgehog 3 για να ξεκλειδώσετε τη λειτουργία "Lock-on" , επιτρέποντάς σας να παίξετε ως Knuckles σε μια νέα έκδοση του παιχνιδιού.
Αν και το Knuckles δεν μπορεί να παίξει απευθείας στο Sonic 3, εμφανίζεται ως boss χαρακτήρας στο παιχνίδι.