Η ιστορία του παιχνιδιού περιστρέφεται γύρω από το "Eggman Empire," μια ομάδα ρομπότ και τεράτων που ελέγχονται από τον Δρ Έγκμαν. Αυτή η αυτοκρατορία αποτελείται από διάφορα "Eggman minions", το καθένα με μοναδικές ικανότητες και εμφανίσεις.
Ενώ μερικά από αυτά τα minions, όπως το "Πιόνι αυγού" και "Egg Hornet," είναι οικεία, άλλα είναι πιο μυστηριώδη. Αυτά που αναφέρονται πιο συχνά ως "μυστήρια τέρατα" περιλαμβάνουν:
* "Αυγός Κέρβερος": Ένα τρικέφαλο ρομπότ που μοιάζει με σκύλο με ένα ισχυρό τρυπάνι.
* "Egg Golem": Ένα τεράστιο, αργά κινούμενο ρομπότ με ένα μεγάλο σφυρί.
* "Egg King": Ένα γιγάντιο ρομπότ που μοιάζει με θρόνο με ισχυρά λέιζερ.
Αυτά είναι μόνο μερικά παραδείγματα και πολλά άλλα μοναδικά και ανώνυμα ρομπότ και τέρατα εμφανίζονται σε όλο το παιχνίδι, προσθέτοντας στο μυστήριο και την ίντριγκα.
Έτσι, ενώ δεν υπάρχει ούτε ένα «τέρας μυστηρίου», η συλλογική παρουσία αυτών των μοναδικών και συναρπαστικών χαρακτήρων συμβάλλει στη σαγηνευτική και μυστηριώδη ατμόσφαιρα του Sonic Heroes.