Groudon (τύπου εδάφους)
* Βρέθηκε στο Cave of Origin αφού νίκησε τους Elite Four και έγινε Πρωταθλητής.
* Μπορεί να συλληφθεί μόνο μετά την απόκτηση του Red Orb.
Kyogre (τύπου νερού)
* Βρέθηκε στο Cave of Origin αφού νίκησε τους Elite Four και έγινε Πρωταθλητής.
* Μπορεί να ληφθεί μόνο μετά την απόκτηση του Blue Orb.
Rayquaza (τύπος Δράκου/Ιπτάμενου)
* Βρέθηκε στο Sky Pillar μετά την ήττα των Groudon και Kyogre.
* Μπορείτε να συλλάβετε μόνο αφού αποκτήσετε το Red Orb και το Blue Orb.
Regirock (τύπου Rock)
* Βρέθηκε στον αρχαίο ναό στην έρημο, προσβάσιμος μετά την απόκτηση των τριών κλειδιών Regi.
* Πρέπει να ενεργοποιήσετε τον ναό χρησιμοποιώντας τα κλειδιά με συγκεκριμένη σειρά.
Regice (τύπος πάγου)
* Βρέθηκε στον αρχαίο ναό στην έρημο, προσβάσιμος μετά την απόκτηση των τριών κλειδιών Regi.
* Πρέπει να ενεργοποιήσετε τον ναό χρησιμοποιώντας τα κλειδιά με συγκεκριμένη σειρά.
Registeel (τύπου χάλυβα)
* Βρέθηκε στον αρχαίο ναό στην έρημο, προσβάσιμος μετά την απόκτηση των τριών κλειδιών Regi.
* Πρέπει να ενεργοποιήσετε τον ναό χρησιμοποιώντας τα κλειδιά με συγκεκριμένη σειρά.
Λατίας (Δράκος/Τύπος Ψυχικού)
* Βρέθηκε στο νότιο νησί μετά την απόκτηση του φλάουτου Eon.
* Διατίθεται μόνο μετά την απόκτηση του Eon Flute.
Λάτιος (Τύπος Δράκου/Ψυχικού)
* Βρέθηκε στο νότιο νησί μετά την απόκτηση του φλάουτου Eon.
* Διατίθεται μόνο μετά την απόκτηση του Eon Flute.
Jirachi (τύπου χάλυβα/ψυχικού)
* Βρέθηκε στο Wishmaker's House μετά την απόκτηση του Star Stone.
* Αυτή είναι μια σπάνια συνάντηση και θα χρειαστεί να χρησιμοποιήσετε το Star Stone για να το ξυπνήσετε.
Mew (Psychic-τύπου)
* Δεν μπορεί να επιτευχθεί τεχνικά μέσω του κανονικού παιχνιδιού. Απαιτείται μια συσκευή σφάλματος ή εξαπάτησης για την απόκτηση.
Σημείωση: Ενώ μπορείτε τεχνικά να αποκτήσετε Mewtwo στο Pokémon Emerald, δεν είναι μια θρυλική συνάντηση. Μπορεί να βρεθεί στο εγκαταλελειμμένο Pokémon Mansion στην περιοχή Slateport City.