Σε όλο το βιβλίο, μυστηριώδεις απολιθώσεις μαθητών που γεννήθηκαν στο Μαγκλ συμβαίνουν στους χώρους του Χόγκουαρτς, αφήνοντάς τους παγωμένους σαν πέτρινα αγάλματα. Ο Χάρι, μαζί με τους καλύτερους φίλους του, Ρον Ουέσλι και Ερμιόνη Γκρέιντζερ, ξεκινά να λύσει το μυστήριο αυτών των επιθέσεων και να αποτρέψει περαιτέρω κακό στους συμμαθητές τους.
Το μονοπάτι οδηγεί τον Χάρι και τους φίλους του σε διάφορες προκλήσεις και ανακαλύψεις, συμπεριλαμβανομένης της αποκρυπτογράφησης γρίφων και της αντιμετώπισης μαγικών εμποδίων και παγίδων, καθώς αγωνίζονται ενάντια στο χρόνο για να λύσουν το μυστήριο που αφορά την Κάμαρα των Μυστικών. Τελικά, ο Χάρι αντιμετωπίζει τον κληρονόμο του Σλίθεριν και το πλάσμα που κρύβεται μέσα στην Κάμαρα, οδηγώντας σε μια τελική συναρπαστική αντιπαράθεση ανάμεσα σε επικίνδυνους μαγικούς κινδύνους.