Υπάρχουν 25 διαφορετικές Natures στο παιχνίδι, το καθένα με τα δικά του θετικά και αρνητικά αποτελέσματα σε συγκεκριμένα στατιστικά. Για παράδειγμα, ένα Pokémon με Hardy Nature δεν έχει προσαρμογές στατιστικών στοιχείων, ενώ ένα με Jolly Nature έχει ώθηση στην ταχύτητά του και μείωση στην Special Attack του.
Η κατανόηση και η διαχείριση των Natures είναι ζωτικής σημασίας για τη δημιουργία μιας αποτελεσματικής ομάδας Pokémon, καθώς μπορούν να επηρεάσουν τα συνολικά δυνατά και αδύνατα σημεία του Pokémon. Οι παίκτες μπορούν να συναντήσουν και να στρατολογήσουν Pokémon με συγκεκριμένες Φύσεις ενώ εξερευνούν μπουντρούμια ή χρησιμοποιώντας τη λειτουργία Wonder Mail για να συνδεθούν με άλλους παίκτες.