Η πράξη της εξαφάνισης αποδόθηκε στην εμφάνιση μιας μυστηριώδους σκιερής φιγούρας γνωστής ως "Darkrai", η οποία πιστεύεται ότι είναι υπεύθυνη για τα Pokémon που εξαφανίστηκαν. Ωστόσο, η πραγματική αιτία της πράξης εξαφάνισης παραμένει ένα μυστήριο και οι Pokémon Rangers είναι επιφορτισμένοι με τη διερεύνηση και την αποκάλυψη της αλήθειας πίσω από αυτό το εκπληκτικό γεγονός.