Ωστόσο, υπάρχουν ορισμένες πολυπλοκότητες:
* Χαμένα έργα: Πολλά από τα έργα του έχουν χαθεί στο χρόνο, έχουν καταστραφεί ή δεν έχουν ανακαλυφθεί ακόμη.
* Συνεργασίες: Ο Van Eyck πιθανότατα συνεργάστηκε με το εργαστήριό του, επομένως ορισμένοι πίνακες που του αποδίδονται θα μπορούσαν να είχαν εκτελεστεί από βοηθούς.
* Αναφορές: Ορισμένα έργα συζητούνται μεταξύ των ιστορικών τέχνης για το εάν ζωγραφίστηκαν αποκλειστικά από τον Van Eyck ή εν μέρει από το εργαστήριό του.
Έτσι, ενώ έχουμε μια λογική ιδέα για το σωζόμενο έργο του, ο πραγματικός αριθμός των πινάκων που δημιούργησε παραμένει μυστήριο.