Καλό εναντίον Κακού: Το μυθιστόρημα διερευνά το κλασικό θέμα του καλού εναντίον του κακού, που εκπροσωπείται από τον Σέρλοκ Χολμς και το Κυνηγόσκυλο. Ο Χολμς ενσαρκώνει τη δύναμη της λογικής και της εξαγωγής, ενώ το Κυνηγόσκυλο συμβολίζει τις δυνάμεις του σκότους και της δεισιδαιμονίας.
Η ανθρώπινη κατάσταση: Το μυθιστόρημα εμβαθύνει επίσης στην ανθρώπινη κατάσταση, ιδιαίτερα στα θέματα του φόβου, της ενοχής και της λύτρωσης. Ο σερ Χένρι Μπάσκερβιλ στοιχειώνεται από την κατάρα της οικογένειάς του, ενώ ο Δρ Μόρτιμερ παλεύει με τις ενοχές για τον θάνατο του Σερ Τσαρλς Μπάσκερβιλ. Ο Χολμς, ωστόσο, αντιπροσωπεύει τον θρίαμβο της ανθρώπινης διάνοιας έναντι της δεισιδαιμονίας και του φόβου.